W grze występują cztery poziomy trudności - Peaceful (pokojowy), Easy (łatwy), Normal (normalny), Hard (trudny). Każdy z nich charakteryzuje się innymi ustawieniami.
Łatwy
Tutaj pojawiają się już moby agresywne - np. creepery, ghasty. Wrogowie zadają znacznie mniejsze obrażenia niż na normalnym poziomie trudności. Creeper anuluje swoją eksplozję, po odejściu od niego na krótki dystans. Występuje mniej pasywnych mobów, niż na poziomie pokojowym.
Trudny
Występuje respawn agresywnych mobów. Wrogowie zadają znacznie większe szkody niż na poziomie normalnym. Wybuch Creeper'a nie zostanie anulowany, chyba, że gracz odejdzie na naprawdę wielką odległość. Występuje mały respawn pasywnych mobów.
Obecnie nie są znane działania trybów trudności na wilkach, pigmanach